يتعلق الأمر هنا بتحلل للأطعمة ليتم تحويلها من جزيئات كبيرة غير قابلة للهضم (النشا، الجليكوسيد، الدهون، البروتينات...) إلى جزيئات بسيطة قابلة للهضم (سكريات، أحماض أمينيه- أحماض دهنية- جليسرين).

وهذا التحلل الكيميائي هو نتيجة عمل الإفرازات الآتية:

 اللعاب
 العصارة المعدية
 العصارة الصفراوية
 العصارة البنكرياسية
 العصارة المعوية

أهم عناصر تلك الإفرازات هي الإنزيمات الهاضمة. وهي وسائط حيوية، أي أنها جزيئات تسرع بشدة التفاعلات الكيميائية وهى توجد بكميات صغيرة جدا ولا تتحلل داخل التفاعل. ويمكن للتفاعل أن يتم في غياب تلك الإفرازات، ولكن ببطء شديد، كما يمكن ألا يتم إطلاقا.
والإنزيمات هي جزيئات بروتينية مركبة يعتمد دورها على تركيبها والبيئة المحيطة وطبيعتها مثل الحرارة، والحموضة. وهي جزيئات ضعيفة يمكن تغييرها بسهولة. ولكل إنزيم نشاط أمثل في ظروف حمضية أو قاعدية في غاية الدقة.
ونجد أيضا داخل هذه الإفرازات مخاطا يسهل عملية سير الطعام.

اللعاب
يلعب اللعاب دورا ميكانيكيا سبق ووصفناه ولكنه يحتوي على إنزيم الأميلاز الذي يسمح بتحلل النشا إلي ملتوز. ويكون النشاط الأمثل للأمليز في وسط منخقض الحموضة.

العصارة المعدية

تحتوي على حمض الكلوريد وهو حمض قوي. فالوسط المعدي غاية في الحموضة ولكنه يحتوي أيضا على إنزيمين: المجبنة والببسين. وتقوم المجبنة بتجميع بروتينات الحليب (وهي الخميرة المستخدمة في صناعة الجبن لتجبين الحليب)، بينما يقوم الببسين بتحليل البروتينات الكبيرة (كالزلال مثلا) إلي ببتيد. ويعمل هذان الإنزيمان بطريقة مثلى في وسط له حموضة مرتفعة.

العصارة الصفراوية

تلعب العصارة الصفراوية دوراً مختلفا مقارنة بباقي الإفرازات الهضمية الأخرى حيث أنها لا تحتوي على إنزيمات. ودورها الأساسي هو تسهيل إستحلاب الدهون، وهي خطوة ضرورية لهضمها.
وإفراز العصارة الصفراوية في المعي الإثنى عشري بفتح صارة أودي يحدث عند وصول دهون للأمعاء. وتنبهها الموجات التقلصية الترددية عن طريق رد الفعل الانعكاسي. ويمكن تقدير أن ٧/٨ من العصارة الصفراوية يتم إمتصاصها مرة أخرى في الأمعاء، أما الباقي فيتم التخلص منه وهو ما يعطي للبراز لونه البني ( فعند الإصابة بالالتهاب الكبدي، يكون لون البراز فاتحا جدا).

العصارة البنكرياسية

تعتبر العصارة البنكرياسية هى الأكثر أهمية علي الاطلاق  في عملية الهضم، وذلك لإحتوائها على عدد كبير من الإنزيمات (الاميلاز، الليباز، البروتياز، البيبتيداز...)، وتفرز حين يلتقي الكيموس الحمضي بالغشاء المخاطي للمعي الاثنى عشري. ولكونها تحتوي على الكثير من بيكربونات الصوديوم والقواعد، فهى يمكنها القضاء على حمض الكيموس بالقضاء على مفعوله. وأغلب الإنزيمات البنكرياسية تعمل بطريقة مثلى في وسط قاعدي.

العصارة المعوية

تحتوي هي الأخرى على إنزيمات (الببتاز، السكراز، الفوسفاتاز...) تقوم بالتحليل النهائي للجزيئات الكبيرة.

وفي المحصلة، فإن كل الإفرازات الهضمية تمثل فقدا كبيرا للجسم سواء في كمية السوائل (من ٧ إلي ١٠ لتر ماء في ٢٤ ساعة) و  في الأملاح المعدنية إذا لم يكن قد تم امتصاصها مرة أخرى.